南京中醫(yī)藥大學總共有31個專業(yè)。

南京中醫(yī)藥大學本科專業(yè)有31個：中醫(yī)學（中西醫(yī)結(jié)合）（本碩連讀）（與南方醫(yī)科大學聯(lián)合培養(yǎng)）、眼視光學、康復治療學、中醫(yī)學（本碩連讀）、針灸推拿學（國家特色專業(yè)建設點）、護理學（國家特色專業(yè)建設點）、藥物制劑、藥學、中西醫(yī)臨床醫(yī)學、國際經(jīng)濟與貿(mào)易、食品衛(wèi)生與營養(yǎng)學、中藥資源與開發(fā)（國家特色專業(yè)建設點）、公共事業(yè)管理（衛(wèi)生事業(yè)管理）、中醫(yī)學（中西醫(yī)結(jié)合）（本碩連讀）（與南京師范大學聯(lián)合培養(yǎng)）、信息管理與信息系統(tǒng)、中醫(yī)學（國家特色專業(yè)建設點）、中藥制藥、中醫(yī)學（針灸推拿）（本碩連讀）、公共事業(yè)管理（中外合作辦學）、英語、市場營銷、計算機科學與技術(shù)、電子商務、制藥工程、軟件工程、公共事業(yè)管理(醫(yī)療保險)、生物制藥（分子生物學――藥物研制）（中外合作辦學）、應用心理學、食品質(zhì)量與安全（中外合作辦學）、中藥學（國家特色專業(yè)建設點）、藥事管理。