南京曉莊學院總共有40個專業(yè)。

南京曉莊學院本科專業(yè)有33個：經濟學、數學與應用數學、行政管理、社會工作、物理學、化學、思想政治教育、地理科學、學前教育、教育技術學、資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理、地理信息系統(tǒng)、小學教育、電子信息科學與技術、應用心理學、社會體育、生物科學、生物科學類（中外）、電子信息科學類（中外）、地理科學類（中外）、歷史學、計算機科學與技術、經濟學類（中外）、新聞傳播類（中外）、新聞傳播學類（中外）、日語、漢語言文學、廣播電視新聞學、音樂學、音樂表演、繪畫、動畫、英語。

南京曉莊學院其他專業(yè)有7個：軟件工程、光電子材料與器件、物流管理、旅游管理、食品科學與工程、應用化學、環(huán)境工程。