昌吉學院總共有21個專業(yè)。

昌吉學院本科專業(yè)有19個：科學教育、新聞學、小學教育、中國少數(shù)民族語言文學、自動化、學前教育、計算機科學與技術、物理學、公共事業(yè)管理、應用化學、工商管理、化學、思想政治教育、數(shù)學與應用數(shù)學、教育學、應用物理學、教育技術學、漢語言文學、英語。

昌吉學院其他專業(yè)有2個：化學工程與工藝、能源工程及自動化。