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1952年在全國高校院系調(diào)整中，北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院脫離北京大學(xué)，獨立為北京醫(yī)學(xué)院。1985年更名為北京醫(yī)科大學(xué)。2000年與北京大學(xué)合并，組建了新的北京大學(xué)，北京醫(yī)科大學(xué)成為北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部。

北醫(yī)前身是國立北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校，創(chuàng)建于1912年10月26日，是中國政府開辦的第一所國立醫(yī)學(xué)院校。是民國早期九所著名“國立”高校之一。其歷史淵源可以上溯到1903年-1907年之間曾經(jīng)存在過的京師大學(xué)堂醫(yī)學(xué)實業(yè)館。1913年國立北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校首批學(xué)生72人，到1917年首批畢業(yè)學(xué)生共22人。

1923年北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校更名為北京醫(yī)科大學(xué)，1927年奉系軍閥張作霖率安國軍進(jìn)入北平，進(jìn)京后的張作霖改組高等教育，把當(dāng)時北平“國立”九校合并為“京師大學(xué)校”，北醫(yī)更名為京師大學(xué)校醫(yī)科;1928年國民黨的北伐大軍兵臨城下，張作霖離開北京，之后一些高校復(fù)校，包括北醫(yī)在內(nèi)未復(fù)校的高校成為北平大學(xué)的一部分，北醫(yī)成為北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院。

1937年盧溝橋事變爆發(fā)后，北平各高校紛紛西遷南遷，北平大學(xué)大部撤離到了古都西安并在那里和北洋大學(xué)等華北名校一起組成了西北聯(lián)合大學(xué)。與此同時，部分未撤離北平的醫(yī)學(xué)院教師在日占區(qū)繼續(xù)行醫(yī)、教學(xué)，并組建了北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院，院長為鮑鑒清。太平洋戰(zhàn)爭后北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院吸收了美屬北平協(xié)和醫(yī)學(xué)院的部分師資。如林巧稚，諸福堂等均曾在這任過職。有人也把1937-1945年這段時期稱為“偽北京大學(xué)”醫(yī)學(xué)院。

1945年，國民政府教育部決定在國立北京大學(xué)、國立浙江大學(xué)、國立山東大學(xué)和國立武漢大學(xué)四所高校設(shè)立醫(yī)學(xué)院。原北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院改組為北平臨時大學(xué)補習(xí)班第六分班，該班連同附屬醫(yī)院(北大醫(yī)院)再次組成北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院。院長為馬文昭。部份原醫(yī)學(xué)院教授遭解職。而新聘師資中云集了一大批歐美留學(xué)博士。這些人代表當(dāng)時學(xué)界最高水平，后來均成為學(xué)界泰斗。